Если кирилица в MathType (или в MS Equation) отображается в неправильной кодировке ("кракозябликами") поможет следующий способ:
1) Запустить редактор реестра (Пуск-Выполнить-Regedit)
2) Найти ветку:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\ControlSet001\Control\Nls\CodePage
в ней значение ключа 1252 меняете на c_1251.nls
3) После этого перезагрузить компьютер
4) Если это не помогло, то можно внести следующие изменения в реестре:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\FontSubstitutes]
"Arial,0"="Arial,204"
"Arial Cyr,0"="Arial,204"
"Courier,0"="Courier New,204"
"Courier New,0"="Courier New,204"
"Courier New CYR,204"="Courier New,204"
"System,0"="System,204"
"Fixedsys,0"="Fixedsys,204"
"Small Fonts,0"="Small Fonts,204"
"MS Serif,0"="MS Serif,204"
"MS Sans Serif,0"="MS Sans Serif,204"
"Times New Roman,0"="Times New Roman,204"
"Times New Roman Cyr,0"="Times New Roman,204"
"Helv,0"="MS Sans Serif,204"
"Tms Rmn,0"="MS Serif,204"
"Verdana,0"="Verdana,204"
"Tahoma,0"="Tahoma,204"
"Trebuchet MS,0"="Trebuchet MS,204"
5) После этого так же перезагрузить компьютер
Скачать готовый файл для изменения реестра (пункт 4)
Примечание: эти действия лечат "кракозяблики" не только в программе MathType, но и в других програмах с аналогичными проблемами.